La lunga storia di Aqaba risale ai tempi pre-biblici, quando era conosciuta con il nome di Ayla. Stando al Vecchio Testamento, Re Salomone costruì una base navale a Ezion Geber, a 3 chilometri dalla moderna città di Aqaba.

A partire dal 106 d.C, i romani, che governavano la regione dalla loro base in Sypria, utilizzarono Ayla come città portuale per il commercio, fino a quando non cadde sotto il controllo dell'Impero Bizantino all'inizio del IV Secolo. I bizantini designarono gli arabi cristiani giunti dal sud dell'Arabia per governare la cittadina portuale al loro posto.

Il Castello di Saladino sull'isola di Far.

Il Medioevo fu un periodo turbolento per Ayla. Nel XII secolo, i crociati s'impossessarono della città. Costruirono un forte sull'isola di Far, nota allora con il nome di Ile de Graye, 7 chilometri al largo della costa. Ayla fu poi riconquistata da Saladino e il forte prese il nome di Castello di Saladino. In un contrattacco, il noto crociato Rinaldo di Chatillon s'impossessò dell'isola, ma l'anno dopo fu sconfitto dalle forze musulmane.

T.E. Lawrence.

Furono i sultani mamelucchi dell'Egitto ad assumere il controllo della regione, assegnando alla città il nuovo nome di Aqaba e costruendo, agli inizi del XIV secolo, il famoso forte. Al dominio dei mamelucchi seguì quello degli ottomani, che regnarono su Aqaba per quattro secoli.

Aqaba fu espugnata agli ottomani nel 1917 dalle forze arabe alleate a T.E. Lawrence. Alla fine della Prima guerra mondiale, gli inglesi assicurarono Aqaba alla Giordania.

Museo Archeologico di Aqaba

Il Museo archeologico regionale di Aqaba è situato presso la casa di Sherif Hussein Bin Ali, vicino al castello di Aqaba.

Il museo è stato aperto al pubblico nel 1990. Attualmente, ospita un'importante collezione del sito islamico di Ayla, risalente ai periodi rashidun, umayyade, abbaside e fatimita, che rappresenta i periodi islamici dalla metà del settimo secolo all'inizio del dodicesimo secolo d.C.

Oltre ai reperti citati, l'attuale esposizione include anche l'iscrizione kufica del versetto "Ayat al-Kursi" dal Sacro Corano, situata in cima all'entrata orientale (Egitto) della città, e un tesoro di monete d'oro fatimida coniato a Sajilmasa in Marocco.

Aqaba è attualmente l'unico porto marittimo della Giordania. La sua posizione strategica all'estremità orientale del Mar Rosso è importante per le rotte commerciali tra la Siria e la Penisola Araba, oltre a essere un'importante stazione sulla rotta di Hajj. I reperti trovati negli scavi di Ayla, provenienti da Hijaz, Yemen, Iraq, Egitto, Marocco e persino da terre lontane come la Cina, testimoniano la vitalità di questo porto di mare.